Bien installé dans la petite ville de Green Hills, Sonic veut maintenant prouver qu’il a l’étoffe d’un véritable héros. Un défi de taille se présente à lui quand le Dr Robotnik refait son apparition. Accompagné de son nouveau complice Knuckles, ils sont en quête d’une émeraude dont le pouvoir permettrait de détruire l’humanité toute entière…