Après la disparition mystérieuse de Harry Goodman, un détective privé, son fils Tim va tenter de découvrir ce qui s’est passé.  Le détective Pikachu, ancien partenaire de Harry, participe alors à l’enquête.  À la recherche d’indices dans les rues peuplées de néons de la ville de Ryme, où humains et Pokémon vivent côte à côte, ils découvrent un complot choquant qui pourrait bien détruire cette coexistence et menacer l’ensemble de leur univers…