Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d’être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Mais, même si leur nouvelle amie April O’Neil les aide à s’attaquer à un mystérieux syndicat du crime, ils vont se retrouver dépassés par les événements…