Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, découvre une porte délabrée au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée. D’autres portes s’ouvrent alors aux quatre coins du Japon, laissant passer toutes les catastrophes qu’elles renfermaient. Guidée par ces portes nimbées de mystère, elle entame un périple afin de toutes les refermer…