Dans un village de bord de mer, Kubo est un être aussi intelligent que généreux qui gagne sa vie en tant que conteur. Cette petite vie tranquille, ainsi que celle de ses compagnons Hosato, Hashi et Kamekichi va être bouleversée quand par erreur il invoque un démon du passé. Surgissant des nues cet esprit malfaisant va abattre son courroux sur le village. Dans sa fuite, Kubo fait équipe avec Monkey et Beetle, pour se lancer dans une épopée palpitante afin de sauver sa famille et percer le secret de la chute de son père, le plus grand samouraï que le monde ait jamais connu.